El 25 de septiembre de 1963, solo siete meses después de asumir el cargo, Bosch fue derrocado por un golpe de Estado militar encabezado por el coronel Elías Wessin y Wessin. Bosch, un izquierdista moderado, que había vivido en Cuba durante varios años, fue acusado de ser procomunista por los líderes del golpe.
El golpe de Estado fue un evento traumático para la República Dominicana. Bosch fue exiliado y el país fue gobernado por una junta militar durante varios años. La junta militar fue finalmente derrocada en 1965, pero el golpe de Estado de 1963 dejó un legado de división y desconfianza en la política dominicana.
Las causas del golpe de Estado de 1963 son complejas y han sido objeto de debate durante muchos años. Algunos historiadores creen que el golpe fue orquestado por los Estados Unidos, que temía que Bosch se acercara demasiado a Cuba. Otros creen que el golpe fue el resultado de una combinación de factores, incluyendo la oposición de los sectores conservadores de la sociedad dominicana, entre ellos la jerarquia de la Iglesia Católica, a las políticas de Bosch, y la preocupación de los militares trujillistas que no acababan de asimilar la democracia.
Independientemente de las causas, el golpe de Estado de 1963 fue un evento significativo en la historia de la República Dominicana. Marcó el final de la primera etapa de la naciente democracia en el país y contribuyó a la inestabilidad política y social que caracterizó a la República Dominicana en los años posteriores.
El golpe de Estado de 1963 desato una serie de eventos que culminaron en la Guerra Civil de 1965, una guerra civil que tuvo lugar entre el 24 de abril y el 3 de septiembre de 1965 y dejó un saldo de miles de muertos.
